Υπό φυσιολογικές συνθήκες η γλουτένη, διασπάται στο λεπτό έντερο από ένα ένζυμο, μία πεπτιδάση. Εάν υπάρχει έλλειψη ή μειωμένη δραστικότητα του συγκεκριμένου ενζύμου, τότε η γλουτένη εναποτίθεται στα τοιχώματα του εντέρου, επιβαρύνοντας τις εντερικές λάχνες και μειώνοντας κατ’ επέκταση την απορρόφηση ποικίλων θρεπτικών συστατικών. Σε αυτή την περίπτωση παρατηρείται συνήθως μείωση βάρους λόγω υποσιτισμού. Η κατάσταση αυτή είναι η λεγόμενη δυσανεξία στη γλουτένηή αλλιώς κοιλιοκάκη και κατατάσσεται στα αυτοάνοσα νοσήματα.
